Вы должны явно включить фильтрацию в плагине war, чтобы это работало.
<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-war-plugin</artifactId>
<version>2.1</version>
<configuration>
<webResources>
<resource>
<filtering>true</filtering>
<directory>src/main/webapp</directory>
<includes>
<include>WEB-INF/weblogic.xml</include>
</includes>
</resource>
</webResources>
</configuration>
</plugin>