Если вы используете основные библиотеки Java, у вас должно возникнуть несколько различий.Некоторые вещи, которые зависят от функций платформы, могут различаться, например, права доступа к файлам в Windows не совпадают с правами доступа Unix / Mac OS X и будут вести себя по-разному при доступе из Java.
В общем, для кода, которыйничего не делать в этих областях, вы должны быть в порядке.Даже если ваши инструменты изменяют файлы .class, этот код должен по-прежнему корректно работать на JVM на другой платформе.
Очевидно, что если вы измеряете производительность, разные ОС будут работать быстрее и медленнее в разных вещах, таких как потокпереключение, IO и т. д.