Не знаю, сработает ли это для вас, но мы используем модель публикации «Использовать фиксированные имена и одностраничные сборки» VS2005. Мы проводим локальное тестирование, развертываем на сервере dev, чтобы проверить изменения другого разработчика (нас всего двое), а затем внедряем во временный каталог на живом сервере. Затем мы отправляем RDP на работающий сервер, резервируем файлы, которые мы изменили, и копируем новые на место.
Работает очень хорошо, и мы избегаем подобной работы. Мы попытались выполнить развертывание непосредственно на сайт, используя встроенное развертывание, но при этом удаляются все каталоги, удаляя целую кучу статических файлов, которые есть в корневых папках IIS.