var count = session.Query<SystemNotification>()
.Where(x => !x.ReadBy.Any(y => y == yourGuid))
.Count();
Существует ли лучший способ для моделирования, это зависит от того, сколько пользователей у вас будет в вашей системе и несколько других вещей.
В качестве примечания: не используйте направляющие для своих идентификаторов. Их трудно читать и они не имеют особых преимуществ перед клавишами Hilo.