Чтобы изменить фрейм другого UIWindow, которое вы добавляете, вы должны инициализировать ваше окно с фреймом, который вам нужен:
self.myNewWindow = [[UIWindow alloc] initWithFrame:CGRectMake(10, 10+20, 300, 440)];
Установить для его свойств клипы в активные границы:
[self.myNewWindow setClipsToBounds:YES];
А затем, после установки вашего rootViewController в новом окне, установите его рамку тоже:
self.myNewWindow.rootViewController = self.fooViewController;
[self.myNewWindow makeKeyAndVisible];
self.fooViewController.view.frame = CGRectMake(0, 0, 300, 440);
Это работает на iPhone и iPad.