Будет полезна выдержка из файла конфигурации log4j ...
Неожиданное предположение, что для Quartz определен отдельный аппендер, и этот аддент является аддитивным (по умолчанию). Либо (1) удалите лишнего аппендера и оставьте только корневые логгеры, либо (2) сделайте ответственного регистратора неаддитивным, либо (3) перенаправьте аппендеру для записи куда-нибудь (то есть в другой файл).