Вы сравниваете ГОЛОВУ транка и ветви, по сути, спрашиваете «что должно произойти с транком, чтобы сделать его таким же, как ветка?», Поэтому ответ заключается в изменениях транка. Если вы поменяете местами старое и новое, вы получите тот же список файлов с точки зрения ветви, но с противоположной операцией.
Если в ветку был добавлен файл, а не транк, и вы запустили существующий diff (старый = транк, новый = ветвь), вы увидите:
A http:.../project/trunk/file
Если вы поменяете местами старое и новое (новое = ветвь, старое = ствол), вы получите:
D http:.../project/branches/branch/file