Ваши опасения действительны. Я придерживался подхода «если ничего не сломано, не исправляйте его» и оставляю существующие «устаревшие» веб-службы в покое, пока им не понадобится работа. Для новых разработок мы принимаем WCF для решения больших и малых коммуникационных проблем. Наиболее ощутимым преимуществом является простота интеграции, если у вас есть хорошая чистая объектная модель. Самый ощутимый минус в том, что (условно говоря) гораздо больше проблем с конфигурацией, особенно когда вы начинаете пытаться что-то защитить.
Мне интересно, что вы упомянули спецификацию WS- *, так как именно здесь у нас возникло наибольшее количество проблем при интеграции WCF с системой Java. Функции безопасности сейчас просто отсутствуют, и мы в конечном итоге использовали Microsoft.Web.Services3 (WSE3) для этого единственного аспекта .NET.
Я бы настоятельно рекомендовал прочитать эти статьи , даже если вы сейчас не пользуетесь безопасностью с WCF, вам, вероятно, придется в какой-то момент.