Исходя из комментариев, значок папки, о которой вы говорите, указывается в скрытом файле ini в самой папке.
Вы можете создать / изменить файл, прочитав его как текст, и так далее, но проще использовать существующую стороннюю библиотеку Java. Я успешно использовал библиотеку Java с открытым исходным кодом ini4j .