Рекомендуется оставлять файл решения в корне структуры проекта, а каждый проект - в подпапке. Таким образом, каждый проект может быть проверен индивидуально без файла решения, если люди захотят это сделать.
Итак, в вашем случае в вашем SVN-хранилище должно быть что-то вроде:
svn: // {repository_root} / MyProject / Website / {все файлы веб-сайта, включая файл .proj}
svn: // {repository_root} / MyProject / WebsiteDeployment / {все файлы развертывания, включая файл .proj}
SVN: // {} repository_root /MyProject/MyProject.sln
Итак, ответ на ваш вопрос - да, вам следует переместить все в папку с именем «MyProject».
Изменить: вам также следует рассмотреть возможность использования MyProject / Trunk, MyProject / Tags и MyProject / Branches, что считается наилучшей практикой в соответствии с SVN Manual .