Да, по большинству практических соображений он совместим. Это не означает, что JBoss специально встроил поддержку более старой версии, но сама Java EE 6 больше похожа на расширенный набор Java EE 5. В результате вы можете развернуть приложение, которое использует только те функции, которые были доступны в Java EE 5, на сервере приложений, который поддерживает Возможности Java EE 6.