Это странная ошибка в MinGW / autotools / automake / etc, я точно не знаю, где.
Если вы перечислите все файлы в текущем рабочем каталоге (или в каталоге компоновки, или даже во всем дереве исходных кодов, IIRC), то вы найдете файл с именем 'sqlite3.Tpo -c -o sqlite3.lo sqlite3.lo'. Имя похоже на список аргументов для некоторой команды! Поэтому я предполагаю, что проблема заключается в неправильном процессе выполнения команд в Makefile (экранирование отсутствует или даже опечатка).
Как мы видим, libtool и gcc жалуются на неправильное имя файла или отсутствующий файл.
К счастью, я смог успешно построить sqlite с помощью этого обходного пути
$ make -n> cmds.sh && sh cmds.sh
Надеюсь, это поможет.