Насколько я понимаю (но я не знаю, почему), мастер-страницы должны быть в галерее MasterPage каждого семейства сайтов.
Поскольку вам потребуется развернуть эти пакеты на каждом сервере SharePoint (веб-интерфейс, приложение, база данных и т. Д.) В ферме, я думаю, что это требование связано либо с кластеризацией, либо, возможно, с базой данных и побочным эффектом.
В любом случае обязательно используйте пользовательские функции для развертывания главных страниц независимо от размера фермы.
Я понимаю, что хочу делать что-то по-своему с SharePoint, и, хотя я, как правило, придерживаюсь такого рода мыслей, прошедший год боли научил меня тому, что жить в рекомендованных границах SharePoint - это лучший способ идти.