Добавьте поле к вашему типу документа с типом Textbox Multiple.Присвойте ему подходящий псевдоним, такой как HeaderCode.
Добавьте ссылку на HeaderCode в свой шаблон.
<html>
<head>
...
<script type="text/javascript">
<umbraco:Item runat="server" field="HeaderCode"/>
</script>
</head>
...
</html>
Теперь вы можете ввести свой скрипт в HeaderCode, например,
$(function() {
// Stuff to do on page ready.
});