Давным-давно у меня была похожая проблема, которая, похоже, влияла на каждую третью программу.После нескольких часов поиска причина была в том, что виртуальный том Cygwin испортил параметры монтирования.Он делал перевод новой строки, когда не должен был (или наоборот).