В вашей модели, работающей с данными, просто сделайте отношение Теги -> Примечания отношением ко многим. Если вы уже сгенерировали подклассы Entity, вам придется их переделать. Вы также должны быть осторожны при создании тегов, чтобы обеспечить уникальность, но в остальном это должно быть довольно просто. myTag.notes
должно работать так же хорошо, как и myNote.tags
.