Возможно, я неправильно понял ваш вопрос ... но ...
Если вы хотите использовать SQL Server Management Studio:
Не могли бы вы просто скопировать инструкцию ALTER, вставить ее в новуюокно, изменить базу данных, к которой подключено окно, выполнить, изменить базу данных, выполнить и т. д.
Если вы хотите сделать это быстрее и более повторяемым, вы можете просто сохранить запрос в файл и написать скриптв cmd, используя sqlcmd для запуска этого скрипта на каждой из ваших 50 баз данных.
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms162773.aspx
Я не могу представить себе управление 50 базами данных с одинаковой структурой и без использования сценариев ...