Да, вы можете.
Создание карты
Предполагается, что вы создали объект MarkerClusterer примерно так:
var center = new google.maps.LatLng(10, 20);
var map = new google.maps.Map(document.getElementById('map'), { zoom: 6, center: center, mapTypeId: google.maps.MapTypeId.ROADMAP });
var markerClusterer = new MarkerClusterer(map);
Добавление маркеров
Вы можете добавить к нему несколько маркеров примерно так:
var markers = []
var marker = new google.maps.Marker({position: center});
markers.push(marker);
markerClusterer.addMarkers(markers);
Обратите внимание, что здесь я добавил только один.
Удаление всех маркеров
Затем вы можете очистить все маркеры, используя clearMarkers, примерно так:
markerClusterer.clearMarkers();
markers = [];
Обратите внимание, что для удобства я также сбросил массив маркеров.
Docs
Полная документация по всем доступным методам доступна здесь:
https://googlemaps.github.io/js-marker-clusterer/docs/reference.html
Это разумный и относительно полный API.