Ваш вопрос очень расплывчатый ИМХО.
У меня есть файл цифрового сертификата и данные, для которых была сгенерирована подпись
Если в файле сертификата есть открытый ключ, используемый для проверки подписи, вы можете загрузитьон использует стандарт Java API (при условии сертификатов X509).
FileInputStream fin = new FileInputStream("PathToCertificate");
CertificateFactory f = CertificateFactory.getInstance("X.509");
X509Certificate certificate = (X509Certificate)f.generateCertificate(fin);
PublicKey pk = certificate.getPublicKey();
Получив открытый ключ, вы можете использовать его для проверки подписи.
Это то, что вам нужно?