Вы можете просто запросить значения в таблице и в вашем наборе, а затем взять дополнение к тому, что возвращает запрос:
List<Integer> valuesInTheTable =
(List<Integer>) em.createQuery("select a.column from Entity a where a in (:values)")
.setParameter("values", values)
.getResultList();
Set<Integer> valuesNotInTheTable = new HashSet<Integer>(values);
valuesNotInTheTable.removeAll(valuesInTheTable);