Вы добавляете bookmarkArray непосредственно в IssueArray.Итак, IssueArray - это массив, содержащий один объект, который является массивом bookmarkArray.Если вы изменяете bookmarkArray, тогда вы изменяете объект в IssArray.
Если вы хотите добавить все объекты, находящиеся в настоящее время в bookmarkArray, в IssueArray, то я бы посоветовал:возьмите копию bookmarkArray и добавьте ее в IssueArray, тогда я бы предложил то же самое, что уже предложил taskinoor:
NSMutableArray *bookmarkCopy = [bookmarkArray mutableCopy];
[issueArray addObject:bookmarkCopy];
[bookmarkCopy release];
Или:
NSMutableArray *bookmarkCopy = [bookmarkArray copy];
[issueArray addObject:bookmarkCopy];
[bookmarkCopy release];
Если вам не нужнокопия должна быть изменяемой.