bat файл использует синтаксис командной строки, поэтому если он работает в cmd, он должен работать в .bat
"C:\Program Files\Test\bin\run.exe" -TestPath D:\test1\ -TestPath httpDownloader.lrs D:\test1\Temp -ResultLocation -ResultCleanName Res1 -Run
Единственное, с чем вам следует быть осторожным, это пробелы в пути к файлу!