На папки в Windows вообще не распространяются правила name.extension, в обработке типов файлов реестра для типов «папок» есть только 1 запись. (Если вы попытаетесь изменить его, у вас будут очень, очень трудные времена впереди)
Единственный простой способ получить желаемый эффект - это сделать то, что OpenOffice, MS Office 2007 и крупные видеоигры делали в течение некоторого времени, использовать ZIP-файл для контейнера. (Это не обязательно должен быть «ZIP», но какой-то тип легко доступного контейнерного файла лучше, чем писать свой собственный). Как OO.org и Office 2K7, вы можете просто использовать свое собственное расширение и назначить свое приложение как обработчик. Это также будет работать на Mac, поэтому он может быть кроссплатформенным. Это может быть не быстро, однако. Использование низкого или нулевого сжатия может помочь с этим.