Как сравнить 2 папки без ранее существующих команд / продуктов:
Просто создайте программу, которая сканирует каждый каталог и создает файловый хэш каждого файла. Он выводит файл с каждым относительным путем к файлу и хэшем файла.
Запустите эту программу в обеих папках.
Затем вы просто сравниваете 2 выходных файла, чтобы увидеть, совпадают ли они. Чтобы сравнить эти 2 файла, вы просто загружаете их в строку и сравниваете строку.
Используемый вами алгоритм хеширования не имеет значения. Вы можете использовать MD5, SHA, CRC, ...
Вы также можете использовать размер файла в выходных файлах, чтобы уменьшить вероятность коллизий.
Как сравнить 2 папки с уже существующими командами / продуктами:
Теперь, если вам нужна программа, которая это делает, используйте diff -r или windiff для систем на базе Windows.