Вы уверены, что хотите использовать awk для этого? Sed и grep кажутся лучшим выбором для этого.
$ echo "ImaString (foo1.com, ,bar.com) (foo2.com, , bar.com)" |
grep -E -o '\(([a-zA-Z0-9]*\....),' | sed -e 's/^.//' -e 's/,$//'
foo1.com
foo2.com
Сбросить результаты в переменную bash, сосчитать их с помощью wc или вставить в массив bash.