Как говорит Ник, определенный пользователь сможет обойти любую схему шифрования, которую вы используете на клиентском компьютере. Самое большее, что вы можете сделать, чтобы им было трудно сломаться. Вам нужно сделать две вещи: 1) зашифровать, чтобы затруднить несанкционированное вмешательство, и 2) попытаться обнаружить любое несанкционированное вмешательство.
Я не знаю, что доступно с полки для Javascript, если доступно, тогда используйте AES для шифрования и HMAC для обнаружения взлома. Если вам нужно написать свое собственное, тогда используйте RC4 для шифрования (не такого сильного, как AES, но намного проще для кодирования) и контрольной суммы для обнаружения взлома.
Единственное, что вы можете сделать, чтобы злоумышленнику было труднее найти ваш ключ шифрования и ключ HMAC, это не хранить их в одном месте. Имеют два массива, так что реальный ключ - массив1, массив XOR2. Таким образом, фактический ключ явно нигде не содержится в коде.