Как насчет размещения его в подпапке? серьезно, я думаю, что именно так Python управляет иерархиями пакетов и осуществляет поиск при импорте. Смотри официальную документацию здесь .
На ваш вопрос: я не сталкивался с вопросом об объявлении модулей внутри модулей. Я не думаю, что это возможно с Boost.Python, но я не уверен на 100%.