Если вы используете Excel 2010, есть встроенная функциональность для удаления дубликатов.
Я бы импортировал все данные из ваших файлов, а затем удалил дубликаты.
В пользовательском интерфейсе выберите свои данные, а затем нажмите на вкладку Данные и Удалите дубликаты . При появлении запроса выберите нужные параметры и нажмите кнопку ОК.
Та же функциональность доступна в VBA.
Sub Remove_Duplicates()
ActiveSheet.Range("$A$1:$B$500").RemoveDuplicates _
Columns:=Array(1, 2), Header:=xlYes
End Sub
В Excel 2003 и более ранних версиях этот VBA мог использоваться. Он использует встроенный расширенный функционал фильтра.
Sub Remove_Duplicates_2003()
Range("A1:B500").AdvancedFilter Action:=xlFilterCopy, _
CopyToRange:=Range("C1"), Unique:=True
Columns("A:B").Delete Shift:=xlToLeft
End Sub