Когда вы пытаетесь опубликовать таким способом, я полагаю, что вы собираетесь перезаписать свою базу данных той, с которой вы сейчас разрабатываете. Это означает, что если у вас есть какие-либо изменения в вашей веб-среде, например, новые пользователи, вы потеряете их, если перезапишете в публикации. Кроме того, причина, по которой вам, вероятно, отказано в разрешении, заключается в том, что файл уже используется веб-сайтом, и Windows не понравится, если вы попытаетесь удалить используемый файл.
Обычно я настраиваю свои базы данных для публикации по методологии, отличной от файлов ASP.net. Я часто генерирую скрипт обновления, используя такой инструмент, как RedGate SQL Compare. Это позволяет мне обновлять файл на сервере, а не копировать новый файл.