Вы также поместили index.php в одну папку из public_html?
Я бы посоветовал этого не делать, не стоит вредить в том, чтобы сделать index.php общедоступным, но стоит скрыть остальные..
Поместите index.php обратно в public_html и измените его следующим образом:
Строка 56:
$system_path = '../system';
Строка 72:
$application_folder = '../application';
Конечно, если они находятся в другой папке, измените путь соответствующим образом.
РЕДАКТИРОВАТЬ:
Извините, я должен отметить, что впоследствии ваш htaccess должен выглядеть следующим образом:
RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index\.php|images|robots\.txt)
RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]