Ваше условие ГДЕ неверно. Вам нужно использовать ..
WHERE session_expire <= " . time() . "
... в противном случае вы удаляете сеансы, срок действия которых истекает после предоставленного времени.
Кроме того, вы можете просто использовать функцию MySQLs NOW, если часы вашего сервера баз данных находятся в одном часовом поясе и т. Д.
т.е:.
WHERE session_expire <= NOW()