Я не понимаю вопроса. Вы говорите, что создали плагин, и он неправильно вызывает файлы? (Я предполагаю, что под «прямым доступом к файлу PHP» вы имеете в виду, что вы не можете загрузить определенный файл, который в директории вашего плагина?)
Похоже, вы не используете правильные пути. Вы должны использовать такие вещи, как константы WP_PLUGIN_URL, которые установлены для вас через WordPress (http://codex.wordpress.org/Determining_Plugin_and_Content_Directories) - т.е. это не похоже на проблему .htaccess, это звучит как неправильное кодирование в плагине.
Конечно, не зная, какой код вы используете , трудно сказать, в чем проблема.