Я думаю, os.path.ismount может работать для вас. Ваш код может выглядеть примерно так:
import os
import os.path
for root, dirs, files in os.walk('/'):
# Handle files.
dirs[:] = filter(lambda dir: not os.path.ismount(os.path.join(root, dir)),
dirs)
Вы также можете найти этот ответ полезным для построения вашего решения.
* Спасибо за комментарии по фильтрации dirs
правильно.