В Eclipse вы обычно просто запускаете один тестовый класс или один тестовый метод. Для этого теста запускается и останавливается «свежая» виртуальная машина Java.
Полагаю, что Jenkins запускает все тесты на одной виртуальной машине Java. Это может иметь огромное значение.
Попробуйте запустить все тесты вне затмения и вне Хадсона одновременно (должно быть просто, если у вас есть проект maven). Что в итоге? Возможно, вы можете настроить свой тестовый прогон для разветвления виртуальной машины Java в каждом тесте (это возможно с maven, настроив плагин surefire).