Еще одна опция - WinRun4J . Он имеет собственный слой привязки, который стремится быть совместимым с pinvoke.net (собственный формат привязки, используемый в точечной сети). См. examples для получения дополнительной информации. Это немного ранних дней, поэтому YMMV.
(полное раскрытие: я работаю над проектом).
Еще одна опция - JFFI - она используется в jruby и jython для взаимодействия с нативными библиотеками.