У вас есть два варианта.
Во-первых, если столбцы, которые вы выбираете из каждой таблицы, имеют идентичные типы столбцов, вы можете использовать UNION
:
SELECT foo, bar, baz FROM something WHERE ...
UNION ALL
SELECT qux AS foo, meta AS bar, syntactic AS baz FROM elsewhere WHERE ...
Во-вторых, вы можете запустить оба запроса, затем извлечь результаты для каждого и поместить их в один массив, используя этот массив позже вместо дескриптора оператора при обработке результатов:
$results = array();
$sth_a = $pdo->prepare(...);
$sth_a->execute(...);
while($row = $sth_a->fetch(PDO::FETCH_ASSOC))
$results[] = $row;
$sth_b = $pdo->prepare(...);
$sth_b->execute(...);
while($row = $sth_b->fetch(PDO::FETCH_ASSOC))
$results[] = $row;
print_r($results);