вы используете таблицы innodb? если это так, возможно, вы не включили автоматическое увеличение, и inno больше не может расширять табличное пространство.
если это таблицы myisam и это происходит только на определенных таблицах, я бы заподозрил коррупцию. сделать РЕМОНТ на рассматриваемых столах.