Проверьте ваш your-app.xml, если у вас есть оба для iPhone и iPad.
<InfoAdditions><![CDATA[
<key>UIDeviceFamily</key>
<array>
<string>1</string>
<string>2</string>
</array>
]]></InfoAdditions>
С другой стороны, в Flash Builder перейдите к свойствам ваших проектов >> Упаковка Flex Build >> AppleiOS >> (вам потребуется собственное расширение, даже если вы его не используете), и добавьте папку sdk в iOS 5.1.Таким образом, ваше приложение будет скомпилировано для iOS 5.1.