Вместо того, чтобы позволить пользователям выбирать произвольные javascript-коды, можете ли вы позволить им выбирать из списка утвержденных сценариев и отклонять изменения, если сценарии не включены в нужный домен?
Или вы можете использовать какую-то пользовательскую разметку, где вместо разрешения писать -tags пишут [include = "pluginname"], и вы конвертируете это в тег script, если найден плагин с заданным именем
Политика безопасности контента также имеет ограниченную поддержку в Chrome, но в настоящее время это не совсем то, что вам нужно, так как ее поддержка и проникновение на рынок ограничены.