Такая проблема может быть вызвана неправильным преобразованием формата проекта, если вы использовали EAP / бета-версии. Проверьте содержимое файла .idea/modules.xml. Вам может потребоваться удалить каталог .idea и настроить проект с нуля, чтобы разрешить его.