Javascript Intellisense имеет тенденцию быть чрезвычайно ненадежным, так как некоторые обновления ломали его, некоторые исправляли его, и существует множество расширений, которые ломали друг друга.
Тем не менее, для таких случаев есть элемент /// <reference>
.
См. статью MSDN и добавьте строку:
/// <reference path="otherscript.js" />
вверху файла скрипта.
Попробуйте проверить это с помощью jQuery vsdoc и других ваших файлов сценариев.
Также установка MVC4 установила некоторую зависимость или что-то более или менее исправленное для меня javascript intellisense.