У меня была такая же проблема с PHP списками. Не уверен, что это именно ваша проблема, но убедитесь, что закрывающий тег ul находится на новой строке. Например, я использовал эту строку кода для моего последнего li,
echo "<li><a href='#'>link</a></li>\n";
Звучит странно, но моя проблема выглядела точно так же, как пример изображения, который вы предоставили.
(P.S.) Я понимаю, что этот вопрос задавался примерно 6 месяцев назад, но, надеюсь, кто-то найдет этот вопрос полезным, так как он меня расстраивал, пока я не наткнулся на решение случайно!