Очевидно, вам нужно пересчитать набор изменений самостоятельно, чтобы изменения вступили в силу:
$em = $args->getEntityManager();
$uow = $em->getUnitOfWork();
$meta = $em->getClassMetadata(get_class($entity));
$uow->recomputeSingleEntityChangeSet($meta, $entity);