Я считаю, что IE по-прежнему запускает события onClick только из элементов, которые обычно кликабельны.
Сделайте это:
<a href="#" onclick="window.open('mylink.html','new_window'); return false" style="display:block; float:right; height:40px; width:100px; cursor:pointer; text-decoration:none">
(конечно, используйте соответствующий </a>
вместо </div>
в конце)
Не уверен, что прозрачный GIF долженделать с этим.