Если вы используете API-интерфейс DBContext, вы можете выполнить прямой запрос, используя следующее: aDBContext.Database.SqlQuery
Я не удивлюсь, если что-то подобное существует для API ObjectContext, но я едва использовал это и поэтому не могу сказать вам, что это такое.
Теперь, если по какой-то причине вы не можете (или не хотите) сделать это, я бы создал новое соединение для ваших пользовательских запросов. Поместите их в «Использование» и закройте, как только закончите.