Я думаю, что вы ищете get()
:
VE <- matrix(0,10,10)
vec <- c("VE","foo","bar")
get(vec[1])[,6]
Edit:
Для этого требуется глобальный объект VE, хотя для автоматизации, вероятно, лучше сохранить матрицы (я полагаю, их больше?) В списке, тогда вы можете просто индексировать:
matrixlist <- list(VE = matrix(0,10,10))
vec <- c("VE","foo","bar")
matrixlist[[vec[1]]][,6]