Хотите удалить этих надоедливых лишних персонажей?Сначала посмотрите, сколько их в конце вашего файла:
od -c <filename> | tail
Затем удалите столько символов, которые вам не нравятся.Если это 3:
truncate -s -3 <filename>
Но в целом, если бы это был я, я бы изменил свою программу на удаление нежелательных символов новой строки, если они действительно недопустимы в соответствии со спецификацией формата входного файла.