Правильно ли настроено в IIS? Если он не установлен как приложение так же, как исходный сервер, он будет искать каталог bin в другом месте. Например, если у вас есть / myapp в качестве каталога, но не приложение, оно будет выглядеть в / bin, но если вы измените его на приложение, оно будет искать его в /myapp/bin.
.
Единственный раз, когда я видел это, это когда один и тот же пул приложений указан для 2 разных приложений, каждое из которых настроено на запуск своей версии фреймворка. Не похоже, что это ваша проблема, но, возможно, стоит проверить удостоверения пула приложений на случай, если что-то еще прослушивает ip и может использовать другую версию фреймворка.