Нет, внутри папки с представлениями не все хорошо.
Посмотрите:
В вашем проекте должно быть 3 основных папки:
system // Это среда CI, причин для прикосновения к этим файлам не так много
application // это то, куда движется ваша логика, файлы, которые делают приложение ,
public // это должен быть ваш documentroot
По соображениям безопасности лучше хранить вашу инфраструктуру и приложение за пределами вашего rootroot (public_html, htdocs, public, www ... и т. Д.)
В вашей общедоступной папке вы должны поместить свою общедоступную информацию, то, что видят браузеры, обычно для поиска папок: images, js, css; поэтому ваша структура будет:
|- system/
|- application/
|---- models/
|---- views/
|---- controllers/
|- public/
|---- images/
|---- js/
|---- css/
|---- index.php
|---- .htaccess