Вау,
.htaccess - это функция Apache HTTPD. Насколько я знаю, в GlassFish нет ничего похожего. Что вы можете сделать: написать сервлет или фильтр сервлетов, который позаботится об этом, и / или сопоставить с ним расширение * .pdf в web.xml ..
Спасибо,
M